2044年的紐約
，大反派朗格勾結(jié)外星惡勢力試圖毀滅地球，大量外星人通過神秘傳送門入侵 ，將城市化為灰燼 。忍者神龜們雖負(fù)隅頑抗仍不敵敵人攻勢，死傷慘重。懷抱著忍者最強(qiáng)武器——希望，忍者神龜們決定回到過去時空 ，找到開啟傳送門的鑰匙
，阻止朗格，恢復(fù)世界和平。李奧納多的弟子凱西肩負(fù)起這一使命，他在過去時空與女記者艾普利爾·奧尼爾成功接頭，并和忍者神龜李奧納多、米開朗基羅、拉斐爾、多納太羅匯合
，開啟了拯救世界的行動?！拔覀兊奈磥?，我們自己做主”忍者神龜們向朗格發(fā)起了終極挑戰(zhàn)。